El departamento de Rectoría, está conformado por:
Máxima autoridad ejecutiva y académica de la Universidad. Representante de la Universidad que preside los actos universitarios y las sesiones del Consejo Directivo, es quien actúa en nombre de la Universidad y la representa en sus relaciones con instituciones universitarias o de otra índole, tanto nacionales como extrajeras. Sus funciones velan por la buena práctica de dirección y administración de la Universidad, coordina, supervisa la planeación y ejecución de las actividades de la Universidad en su labor académica, de investigación y de extensión.
Aquellos que asisten al Rector en el desarrollo de sus funciones. Tienen la tarea de suplir al Rector en caso de ausencia o impedimento de éste. Su rol se involucra en campos de acción específicos y áreas determinadas: Vicerrector administrativo y Vicerrector académico.
La vicerrectoría académica vela por los registros históricos, documentos y archivos de la Universidad, así también por la organización y orden de las diversas entidades universitarias como el Comité de Organización Estudiantil, y SEUNIS.